子牛力ビーフさんの滝川↔富良野間「自由席特急券」＋札幌↔富良野通しの「指定席券」という方法ができるのかどうか確認出来ません。
通常の特急券は「指定席特急券」と「自由席特急券(指定席料金からの値引き)」で、「(自由席)特急券＋指定席券」という形は無いと思っています。
ただし「ふらの・びえいフリーきっぷ」の場合は以下の通りで通常と扱いが違うようです。

ふらの・びえいフリーきっぷの利用範囲を抜粋すると
フリーエリアまでの往復：普指★・普自○　　
フリーエリア内：　　　　普指▲・普自▲

○＝利用できます：▲＝運賃のみ有効です：★＝指定料金券等との組合せにより利用できます　

となっているので、札幌－滝川間指定席利用は「指定席券」を滝川－富良野間は「指定席特急券」が必要と思います。
「指定席券」＝５２０円：「指定席特急券」＝１６５０円　合計２１７０円の追加になりそうです。
自分には上記のように読み取りました。やはり正確を期してＪＲ北海道へ問い合わせるのが良いと思います。

自分も「クリスタルエクスプレス車両」のフラノラベンダーエクスプレスで札幌から富良野へ。
「富良野・美瑛ノロッコ号」で富良野－ラベンダー畑(ファーム富田)－美瑛
「ツインクルバス美瑛号」で美瑛町内観光(当時５００円)
普通列車で美瑛－旭川。旭川－札幌をスラントノーズ「オホーツク号」で１日観光の思い出があります。

上記の行程は６月に行きましたが、ラベンダーにはちょっと早かったです。
２年後、７月に行きましたが満点でした。(行程は別ルートですが)

いい旅を

既に乗車券と札幌↔滝川の自由席特急券が含まれている状態ですが、
この特急券は（富良野方面への延長での）行き先変更が利かない物となります（企画乗車券にありがちな制限）
従って滝川↔富良野の特急券は別途購入となります。

ここで注意するのが、滝川↔富良野間を指定席特急券にすると、札幌↔滝川間の指定席券が別途必要になってしまい、場合により座席移動が発生しかねません。
滝川↔富良野間も自由席特急券を購入し、札幌↔富良野通しの指定席券を購入するのがオススメ・・・

したいところですが、多少未確認のまま回答していますので、窓口などで確認される事をお勧めします。