面白いアイディアですが、考えるべき課題も多そうです。

まず、日本中どこでもと言いつつある程度の大きさ以上の客船であれば、派遣先は沿岸地域、それも一定規模の港湾設備も必要になります。緊急時であれば沖停めして小型船でアクセスすることも考えられますが、災害の内容次第ではそれ自体が危険な場合もあります。（例えば台風災害の場合、海上が荒れている可能性もあります）
地震災害の場合、山間部はもちろん、海岸から少し離れた都市部からでさえ、道路が寸断されて近づけないという事態も起こり得ます。
離島の災害の場合なら活躍出来そうですが、現在でも海上自衛隊の艦船やチャーター船で対応しています（十分とは言えないケースもありますが）

誤解の無いように書いておきますが、上記のような理由で不可と言っているのではありません。
いくら安く調達出来るとは言え、物が物だけにホイホイ買えるほど安くなるとも思えません。また、船体価格よりも、維持管理費の方がかかりそうですし、どこに配備するか、管理者は国か地方自治体か、という問題もあります。
そう言ったいくつもの課題をケースバイケースで精査して行く必要があるので、即実行とは行かないだろう、という話です。

もしかしたら、大型船を全国で数隻よりも、中型・小型船を沿岸の都道府県で1～2隻ずつ、とか他の方法も出てくるかも知れません。
ですので、そのまま実行するのは難しいと思いますが、このアイディアについて検討することは意義があると思います。