(1) 八高線（JR東日本／八王子〜倉賀野）

「高」は高崎を意味しますが、路線としては1つ手前の倉賀野駅で高崎線に合流して終点です。ただし、倉賀野駅を経由する営業列車は全便が高崎駅まで乗り入れています。

(2) 名松線（JR東海／松阪〜伊勢奥津）

国鉄と参宮急行電鉄（参急、現在の近鉄の前身）が松阪〜名張間の鉄道建設で競合。参急線のほうが先に開業したため、松阪から西進してきた国鉄線は建設意義を途中で失い、盲腸線の地位に甘んじたままJR時代の今日に至ります。
名張駅は近鉄大阪線山岳区間の要衝ですが、もしここにJR線が伸びてきていたら…とも思いますね。

(3) 徳島線（JR四国／佃〜佐古）

1962年（昭37）から国鉄民営化までは徳島駅が起点でしたが、徳島〜佐古間が運賃計算上高徳線（幹線運賃を適用）の扱いであったため、1987年（昭62）の民営化の際に同区間が徳島線（地方交通線）の登録から外され、徳島駅は徳島線所属でなくなりました。
ただし、徳島〜佐古間のレールは当初から高徳線用と徳島線用の単線並列で敷設されており（JR四国の駅間としては唯一の例です）、完全に高徳線籍となった今でも「徳島線方面の列車だけしか走らない線路」が存在しています。

西武有楽町線と有楽町駅
これは早い者勝ちですかね

南海高野線

終点は「極楽橋」。
でも、案内放送も駅の表示番も電車の方向幕も「高野山」。

ではちょっと意表を突いて・・・

JR横浜線
→そもそも横浜線内に横浜駅はなく、根岸線に乗り入れた先に横浜駅がある。
京王相模原線
→相模原駅(JR横浜線)はあるけど、京王線はここを通らず。(終点は相模原市の橋本駅)
JR相模線
→関東圏では数少ない205系が走る路線ですが、そもそも相模駅がない。
(ちなみに上記の橋本駅からサザンオールスターズの地元・東海道線茅ヶ崎駅までを結ぶ単線)
西武多摩川線・西武多摩湖線
→それぞれ多摩川と多摩湖の近くを走るが、多摩川駅・多摩湖駅がない。
西武狭山線・西武山口線
→それぞれ狭山駅・山口駅がない。
(ただし狭山線に下山口駅はある)
東京メトロ丸ノ内線・千代田線・東西線・南北線・副都心線
→それぞれ丸ノ内駅・千代田駅・東西駅・南北駅・副都心駅がない。
都営大江戸線
→上記の路線と同様に、大江戸駅がない。

ひとまずこんなもんで。

名鉄広見線には「広見」という駅はありませんね
あと、安房小湊までたどり着けなかった小湊鉄道、群馬(上州)や長野(信州)に延伸できなかった東武東上線(東上鉄道)や上信電鉄もありますね

廃線区間が入りますが…、北海道の札沼線　札幌の隣の桑園が起点で、終点の石狩沼田に至る新十津川以北は廃止になってます
実質的に廃線状態の日高本線　日高〇〇という駅名はいくつかありますが、「日高町駅」は旧富内線にありました
JR北海道の状態を考えれば、そのうちに根室本線や宗谷本線も「お仲間」に入りそうですね

奈良線（JRの）
電車そのものは奈良駅まで行ってますが奈良線としての区間は京都駅～木津駅（木津駅と奈良駅の間は関西線）です。
つまり奈良駅どころか奈良県に達してません。

因みに広見線の名前の由来ですが…JR可児駅及び名鉄新可児駅の東濃鉄道（＝現在ある同名のバス会社とは別会社です）時代＝つまり開業当初の所在地周辺の地名が「広見町」で駅名も「広見駅」「新広見駅」だったことによるものです。
当時は可児川左岸にありました。
昭和3年に旧今渡町（可児川右岸）の領域にある現在地に移転した後もなぜか改名せず可児市の市制施行とともに現駅名になりました。