読み方ではなく漢字表記が違う例です。
茨城県龍ケ崎市にある、関東鉄道の駅名は「竜ヶ崎」です。「りゅう」の字体が違います。「ケ」と「ヶ」も違います。

ＪＲ常磐線の駅は「佐貫」です。ただ来春に地元龍ケ崎市の要望で「龍ケ崎市」駅に改称されます。
佐貫駅は明治33年(1900年)開業の歴史ある駅です。駅名は元々地名由来で、現在も茨城県龍ケ崎市佐貫町にあります。

駅名では無いですが、「牛久沼」は全領域が「龍ケ崎市」に属しています。沼岸は龍ケ崎市、牛久市、つくば市、つくばみらい市、取手市に囲まれています。

紀勢線のJR東海部分＝三重県にある滝原駅。
駅自体は多気郡大台町ですが滝原駅が示している滝原（皇大神宮別宮の瀧原宮がある）という集落は大内山川を挟んで対峙する度会郡大紀町にあります。（その大紀町には阿曽駅・伊勢柏崎駅・大内山駅・梅ケ谷駅がありますが大紀町役場への最寄り駅は大台町の滝原駅です）

　北海道の宗谷本線雄信内駅
　雄信内という集落は天塩川左岸の天塩町に位置していますが、駅は対岸の幌延町雄興という地区にあります
　宗谷本線は士別以北は天塩川に沿って伸びていますが、雄信内に駅を作るためには橋梁を2つ作らねばならず、それを避けるためにこのような事になっています
　ちなみに、駅名は「おのっぷない」ですが、天塩町雄信内の住居表示は「オヌプナイ」、我々が呼ぶときは「おのぶない」と言っております

今回も、思い当たる所から3駅お答えします。

(1) 清洲駅（JR東海・東海道本線／愛知県稲沢市）

信長ゆかりの清洲城の北西約1kmにある駅ですが、同城が清須市内にあるのに対し、駅は市境を1つ越えた稲沢市側にあります。
周辺は比較的早くから工業化されていたようで、現在も貨物取扱当時の名残と呼べそうな側線がいくつか設けられています。駅名と所在地の不一致は、沿線工場からの貨物輸送の便宜を図った結果かと思われます。
なお、競合する名鉄名古屋本線の新清洲駅は、清須市内に位置しています。

(2) 四条畷駅（JR西日本・片町線［学研都市線］／大阪府大東市）

四條畷の名を持つ自治体が生まれるよりも早く1895年(明28)に開業した駅で、その後の自治体再編によって大東市側に属することとなり、駅名から連想される四條畷市の領域からわずかに外れる形になっています。

(3) 淀川駅（阪神電気鉄道・阪神本線／大阪市福島区）

これは前2例とは明らかに成り立ちが違うパターンで、路線及び駅開業時の地理的条件が直接駅名へ反映されたと見られるものです。
しかも、この駅が存在する場所は「淀川3区(東淀川・淀川・西淀川)」のある淀川右岸側ではなく、それらと向かい合う左岸側であるということが、駅名と立地との関連性を殊更ややこしいものにしています。

静岡県の浜松市西区にある、舞阪駅。
合併前の浜名郡舞阪町の名を冠していますが、駅は浜松市馬郡町にあり、駅のすぐ近くに舞阪町との境界があります。
合併した今では舞阪町も馬郡町も同じ浜松市西区になりましたが。