ホームドア設置時点で6扉車が連結されていた関係で、車両とホームのドア位置がズレるケースが発生し、
その移動のために車両とホームドアの間を通行できるように間隔を開けていたらしいです。

ここからは推測ですが、
車両とホームドアの距離が離れている分、ホームのドア内側（車両から離れている側）が狭くなり、
乗車客と降車客の交錯が激しくなりますので、
安全性に問題がないと思われるスピードまで減速したら乗車待ち客を予めドア外（車両側）に誘導しておこうという事かも知れません。
その後やはり危険ではないかと思ったか指摘されたかで、あらためたのではないでしょうか。