現在の日本の鉄道網が、廃線になった区間も含めてかなり細かい編みの目状に張り巡らされている（いた）ため、
新たな路線を考える時には、どうしても並行する既存路線が存在してしまうからだと思います。

かと言って、既存路線と全くかけ離れた路線を引こうとしても、
例えば岩手県の一ノ関と久慈を（北上山地を縦断して）真っ直ぐ結ぶ路線とか、非現実的と言うか荒唐無稽な物になってしまい、
妄・・空想した際の面白味に欠けてしまいます。
やはり、既存路線に並行しながらも少し離れたところに別路線があったら・・・と言う方がイメージしやすいのだと思います。

宇宙に行く架空鉄道、銀河鉄道999ぽいのは如何でしょう？
赤道を西から東に高気密性のチューブ軌道を加速度２Ｇ（19.6m/s^2）で、僅か10分間、加速し、水平に3,328km、その先を上昇角30度で直線で200km、太陽電池に依る安価でクリーンな電力で超電導リニアモーター駆動で磁気浮上させた、人や貨物を搭載した射出体を高度100kmのチューブ軌道の東端からマッハ33の第二宇宙速度で射出して、人や貨物を安全に安価に高速に大量に地球引力圏外に輸送する「宇宙塔マスドライバー」については、
http://blog.livedoor.jp/satou_hiroshi_4649/archives/4043233.html
を御覧下さい。