JR東の区域内にあるということは
JR西がそこまで自社車両を運行していくことなどできませんから、車両を東に貸与して、東が車両基地まで持っていった、ということのはずです。
借用物件の毀損ですから東が西に補償するのが法的には順当な流れですが、そこは両社間の契約がどうなっていたか、それと今回の事態を受けて両社間でどういう取り決めにするか、でしょう。
民法が絡むことは、法的にどうかということは最後の砦であって、それよりは互いの合意による解決が優先しますから。
西の社長が2編成廃車・新造の発表をしたということは、あくまで西の判断と責任において、修理ではなく廃車・新造を決定した、ということでしょう。

以前読んだ記事では、
「東の管理下で被災したので、10編成とも東の負担で新造して、2編成を西に補償することになる」
旨の記載がありました。