村岡新駅の件はひとまず置いといて、
藤沢駅のバリアフリー化について言うならば、小田急も橋上駅舎は必要だと思います。

一つ目の理由は、既にJRが橋上駅舎化しており、南北ペデストリアンデッキが連絡、さらに南デッキには江ノ電にも連絡、という現状があります。
これらとの行き来、相互乗り換えを考えると、小田急の改札も同一階にあった方が分かり易く、利用しやすいと思います。
（新宿などの大ターミナルでは、逆に会社毎にフロアを分けてしまうのもアリかな、とも思いますが）

二つ目の理由として、小田急ホームを２階に建造した場合、改札も２階にあれば現状と同じようにホームとの間に段差が生まれずに済みます。
その場合、南北連絡通路は東側に迂回させる必要が生じるかも知れません。

三つ目の理由は、仮に地平ホームのままでも、バリアフリー化は可能であるという事です。
確かに高架化の際にバリアフリー化されるケースは多いですが、それらはイコールではありませんし。

最後に高架化についてですが、
確かに10両編成が入線出来るのが1線だけという現状は何とかした方が良いとは思います。
予想するに、JRとの立体交差の高さのままホームを作り、スイッチバック後の江ノ島方面の線路も立体交差させれば、余分な平面交差のポイントを切除出来て10両編成対応のスペースが出来そう・・・と言う事なのではないかと思っているのですが、
小田急の駅舎を２階に持って行き、空いた１階コンコースと現在の階段（と、出来ればLIERREの１Fも）の辺りまでホームを引き込めば何とか捻出出来るのではない過渡思うのですが、いかがでしょうか。