羽田空港アクセス線は現在３ルートの整備が予定されていますが、
そのいずれも総武線と乗り入れる予定にはなっていませんので、羽田〜成田の直通はしたくても出来ません。
（スイッチバックや複雑なルートを取れば可能性はあるかも知れませんが、利便性はガタ落ちでしょうね）

３ルートのうち、臨海部ルートと呼ばれているものは、京葉線への乗り入れ予定ですが、
成田方面に向かうには総武線への乗り入れルートを別途整備する必要があります。
総武線〜京葉線の乗り入れ線自体は以前から構想はありましたが、延期（断念と復活？）を繰り返しており、開通の時期も開通するのかどうかも未定です。

なお、羽田空港アクセス線はJRが主体の事業であり、開通しても線路幅が違うためスカイライナー等は入線出来ません。
対抗策として浅草線経由で羽田空港まで特急を乗り入れるか、という事であれば、
あくまで予想でしかありませんが、可能性はあると思います。

ただ、現状実現していない理由が、車両や地上（地下）設備の都合（信号とか）によるもの、などであれば、
新型車両の開発や、施設の改修などを行った後と言うことになるかも知れません。

いずれにしても、10年以上のスパンで見る必要はありそうです。
（羽田アクセス東山手ルートの開通見込みが2029年頃）