地下鉄はあくまで都市圏内の近距離輸送の手段、とする考え方からすると、地下鉄の優等運転というのは相反するように思います。
都市圏内はどこもそれなりの乗降客がおり、飛ばせる駅がないのです。
優等運転のある地下鉄というのは、近距離輸送の地下鉄の機能に、本来地上高架で整備すべきだった中距離輸送の機能をくっ付けてしまったものと理解しています。地上に通そうにも地価とか地権者の合意がとかいろいろありますしね。
なので地下鉄は各停、地上で快速、というのが本来の姿なのではないかなと。

優等運転をするために退避線を新たに設けるとすると、主要駅にプラットホーム付きの大掛かりな退避線を設けて普通列車と優等列車を同時に停車できるようにするか、飛ばされる駅、つまり比較的重要性の低い駅に投資して退避線を設けなければなりません。
主要駅には優等列車といえども停車するのですから、少数の主要駅に待避線のみ設けて追い越させるということが不可能なのです。
それを地下でやるのは相当に厳しそうですね。

自分も「出来るならやってくれればいいな」「でも実現は困難だな」という感想です。

新たな設備投資を抑えてと言う事であれば、「追い越しなし」「停車駅限定」の優等列車の運行くらいなら可能かも知れません。
まあ、誤乗車のリスクもありますし、速達性は皆無ですので「何のメリットがあるの？」というところなんですが、
最近は近郊私鉄で有料着席サービスが増えていますので、これらの列車が直通乗り入れする場合に、主要駅だけ停車すれば「せっかくの座ってゆったりが台無し」と言う事が減らせるのではないかと思います。
まあ、自分もJR東の首都圏のグリーン車を利用する際は各停でもあまり気になりませんので、有料着席列車が通過運転するメリットは「？」ですけどね(^_^;)

難しいかもよ。水平方向だけでなく、垂直方向にも地下埋設物や函渠や管、街路・鉄道がある場合がある。これらが縦横無尽に絡みあっている都心部で、待避線または追い越し線の後付けさえままならない。
まして、片側１面２線の2層や島式１面２線の２層は上下の余裕があるだけではダメで、許容可能な勾配も問題になる。かといって大深度に押しやるのは使い勝手が悪い。