解決！
冗談自動車道さん
2020/07/12 08:48
分割・併合されるため、
併合時に通り抜け出来るよう、貫通扉を設置しているためだと思われます。
現状、有効に利用されているかはさて置き、
非貫通同士の併合の場合、もちろん乗客も通り抜け出来ませんが、車掌も通り抜け出来ないため、２人（組）の乗務が必要になりますが、通り抜け出来れば１人（組）で済みます。
また、被貫通先頭車は車体長が長いため、編成中にそれが２両挟まれると、前後の乗車口の位置が大きく変わってしまい、案内上の不便などのデメリットも考慮されたのかも知れません。
回答の補足
余談ですが、かつて（昭和時代）の常磐線特急、485系「ひたち」でも、ボンネットタイプと、平面顔の先頭車が組み込まれていました。
が、こちらは両方とも非貫通車で、681系とは事情が違うようです。
うろ覚えですが、転属車の寄せ集めだったとか、のような気がします。
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質問者のコメント
回答有り難うございました。 なるほどそういうことだったんですね。
それにしても先頭車両のイメージと通過した後の最後尾の車両のイメージが全く異なるので、一編成で二度美味しい列車ですね。