分割・併合されるため、
併合時に通り抜け出来るよう、貫通扉を設置しているためだと思われます。

現状、有効に利用されているかはさて置き、
非貫通同士の併合の場合、もちろん乗客も通り抜け出来ませんが、車掌も通り抜け出来ないため、２人（組）の乗務が必要になりますが、通り抜け出来れば１人（組）で済みます。
また、被貫通先頭車は車体長が長いため、編成中にそれが２両挟まれると、前後の乗車口の位置が大きく変わってしまい、案内上の不便などのデメリットも考慮されたのかも知れません。