北海道の在来線については、札幌などの都市部とそれらを相互に結ぶ幹線（加えるなら、貨物幹線）以外は非常に厳しいでしょうね。

それこそ、全道いすみ鉄道化くらいの超絶必殺技でも出さないと・・・

JR北海道を「鉄道(＋バス)事業者」として存続させるのはかなり厳しいと思います。
飛行機も含めて、全道の交通インフラを統合的に運営する半官半民会社の様な物も検討する必要はあるのではないかと思います。

新幹線、東京〜札幌が４時間半になっても、さらに４時間を切ったとしても、
アフターコロナになった時に充分な黒字が見込めるほどのビジネス需要が期待出来るかも怪しくなって来ていますし、
コストの圧縮とあらたな需要喚起の両面で、相当な知恵を絞る必要がありそうですね。

メンテナンスコストについては、首都高や大手ゼネコンでインフラの点検の自動化・高速化のための新技術が使われだしていますし、
それらと上手く提携する選択肢も検討すべきでしょう。（交渉してたりして・・・）
H5の短編成化をして、E5と併結〜途中駅で分割。とか運転コストを下げたり。
（本当の初期には、物珍しさで利用が増えるかも）

まあ、ここ（質問箱）で思いつく程度の案では、ちょっと焼石に水感は否めませんね。