現状の長崎電気軌道の移動でどれくらいの人が現金乗車しているかって話が前提にくるのですが、
観光客は１日券や、アプリでモバイル１日券・２４時間券が買って利用する人やＩＣの方が多いと思います。
（外国人も東京た大阪経由の場合、Suica等（welcome Suica等）を買っている可能性もある。お土産としていいらしい）、
キャッシュレスの波にはついていかないとお客さんも減る可能性が大きいので仕方ないのですけど、現在、ＩＣカードの方が乗車数がかなり多いのであれば、現金の乗継券の復活はかなり難しいかと思います。
あと、値上げについていうと１４０円の設定でも路面電車としては全国一安いです。

もし乗継券を復活させるのなら以下の条件・設備が揃えば出来なくはないでしょうけど、投資金額に合うかというと？？？なところです。

１：日時入り（〇〇：〇〇まで有効）が書いてある乗り継ぎ券等の発行。
（２０１４年くらいまで大阪市バスがバス→バスの乗継の際に発行していたようなもの。バス整理券or磁気券のサイズ）

２：以下のように乗り継ぎ指定停留所および乗換有効区間を変更

〔１〕【赤　迫→新地中華街】→〔５〕石　橋行き：新地中華街で乗換え
〔１〕【崇福寺→ 西 浜 町 】→〔５〕蛍茶屋行き：西浜町で乗換え
〔５〕【石　橋→新地中華街】→〔１〕赤　迫行き：新地中華街で乗換え
〔５〕【蛍茶屋→ 蛍 茶 屋 】→〔１〕崇福寺行き：西浜町で乗り換え　

４・５系統＝３系統：変更なし

追加：３系統＝１系統
蛍茶屋発赤迫行き・崇福寺発赤迫行き限定で長崎駅前を乗り換え停留所として追加。
乗継有効停留所は以下の通り

〔３〕赤迫行き【蛍茶屋→桜　町→長崎駅前】→〔１〕崇福寺行き【長崎駅前→西浜町→崇福寺】
〔１〕赤迫行き【崇福寺→西浜町→長崎駅前】→〔３〕蛍茶屋行き【長崎駅前→桜　町→蛍茶屋】

注）長崎駅前での
〔１〕赤迫行き→〔３〕赤迫行き　もしくは〔３〕赤迫行き→〔１〕赤迫行き
〔１〕崇福寺行き→〔３〕蛍茶屋行き　もしくは〔３〕蛍茶屋行き→〔１〕崇福寺行き
への乗継はできない。（対象は赤迫～八千代町間で乗車の場合。それぞれ直通系統があるため）

上記の設定で２回以上乗り換える及び戻るルートの停留所がないはずなので乗継券は乗継先１回のみ有効
乗継券→乗継券は発行不可とする

乗換指定停留所：市民会館・西浜町【新規】・新地中華街・長崎駅前【新規】
指定停留所以外での乗継券の発行・乗継処理はしない。

ＩＣカード：〔１〕・〔５〕の乗継については新地中華街・西浜町のどちらでも乗り換え可能。乗継時間ルールは現行のもの。
ただし戻るルートは通常料金として取り扱う。
例：浦上駅前から以下の電車に乗った場合
〔１〕崇福寺行で〔５〕蛍茶屋行に乗り換える場合、新地中華街・西浜町のどちらでも乗り換え可能
〔１〕崇福寺行で〔５〕石　橋行に乗り換える場合、新地中華街のみ乗り換え可能

乗継ルールが若干ややこしくはなりますが、戻るということが出来ないルールの設定をすることが重要かと思います。その上で乗継区間を進行方向に限定及び乗継区間を狭くすれば不正はある程度防げるかと。