乗客の休憩ではなく、あくまで乗務員の休憩や交代等を目的にしているからだと思います。
乗車時間が12時間にも及ぶ東京~弘前の昼行「スカイ号」では昼食休憩として長めに取っているケースもあるようですが、そもそもトイレ付車両だったらば乗客開放しないバスもまだあるかもしれません。
SAで乗客が帰ってこず、発車できないというケースもありますので、開放もそれはそれでリスクなのでしょう。

厚生労働省では、高速乗合バスの乗務員の連続運転時間の定義を「10分以上の運転の中断をすることなく連続して運転する時間」としています。また、高速道路での連続運転時間はおおむね2時間までとしています。

これを考えますと、2時間運転して10分運転を中断（休憩）すれば、また2時間運転できるということです。ただし、連続運転時間4時間ごとに30分の休憩をしなくてはなりませんので、休憩は10分と20分、あるいは15分ずつというようになります。

なお、夜間ワンマン運行の場合は、連続運転時間4時間ごとに合計40分以上の休憩が必要ですので、昼間よりも休憩時間が長くなるのだと思います。