国鉄車両ではないのですが、JR九州のキハ200-1007は、キハ200-7とともに1992（平成4）年7月のダイヤ改正における快速「なのはな」用として導入されました。
しかし、1993（平成5）年8月6日に日豊本線竜ヶ水駅構内で発生した土石流に巻き込まれて大破。8月19日付で廃車となってしまいました。キハ200-1007の代替としてキハ200-5007が代替新造されています。

事故廃車ではありませんが、クモユ143形も短命な車両だと思います。
客車の郵便車を電車化するために、1982（昭和57）年9月に郵政省所有のクモユ143形3両が新製されました。しかし、1986（昭和61）年に郵政省が鉄道郵便輸送をやめてしまい、クモユ143形わずか4年ほどしか使用されませんでした。

内房線の特急「さざなみ」に使用され、1973年11月に踏切事故に遭遇したクハ183-17が短命だったのではないでしょうか？
落成は1972年6月30日付で、廃車は1974年2月12日付。1年と8か月ほどの在籍でした。