結論から言うと、不可能では無いけれど、定着させるのは困難だろうと思います。
まず、通勤需要に応えるために、船の高速化が必要になり、場合によつては大型化も必要になります。
同然、運行要員の確保も必要ですが、(通勤船に対応できる)船舶免許保持者は実数が少ない物と思われます。
以上のように運行させる事ができてもコストアップが予想されます。
次に需要ですが、乗り場が大きな河川・運河沿いに限られるため、そこまでのアクセスの課題が生じます。
乗場までのアクセス時間と、通勤船の航行時間の合計が現状より有利で、かつ運賃が大きく不利にならなくなる利用者が、採算ベースに乗るほど大勢いるかというのが甚だ疑問でしょう。(やると決めてしまえば、利用者予測は極端に多く見積もられると思いますが)

さらには、水上交通であるため、陸上交通よりも悪天候時の信頼性が大きく下がるのもマイナスポイントです。

以上から、ピンポイントで採算が取れそうな場所でなら実現性は有りますが、ネットワーク化は難しく、定着する見通しは少ないものと思われます。

それでも、都市によって、あるいは他の交通インフラと合わせて総合的な整備を進めれば、実現の目が無くもないとは思いますが。

どちらかというと、クルージングといった観光要素が強いのではないでしょうか？

東京の日の出桟橋と東京ビッグサイトを結ぶ水上バスも、今では不定期運行となり、本数もすっかり減ってしまいました。
以前はかなりの本数があって、ビッグサイトでの展示会から会社に戻るのに、わざわざ利用したものでした。それなりに利用客はいたんですが…。

船内には売店もあって、こっそりビールを飲みながら東京湾を眺めたりしたのも、いい思い出です。