一般道の道の駅であれば、管理者が別々だから。ということもありますが・・・

高速道のSA・PAであれば、昔は今ほど清潔では無かったこともあり、売店や飲食店と空間を共有するのがはばかられた、とか。
バス客などトイレ利用者が集中した時に、列が売店側に迫って来ないように、とか。
最近は逆に(新東名のように)トイレの意匠自体がアピールポイントになっているケースもあるから、とか。
改装・改築などの際、商業施設棟への影響を抑えたい、とか。
そういった諸々の事情を総合した結果ではないでしょうか。

やっぱり、フードコートに隣接してトイレがあるのはちょっとイヤですよね～。

トイレ施設は道路管理者が直接管理をしているのだそうです。高速道路の場合、道路管理者は国土交通大臣だそうです。
これに対し、売店や食堂などはNEXCO東日本やNEXCO中日本といった事業者が運営しているとのことです。
このため、トイレは独立した建物になっているそうです。