考えられるのは陸羽西線からの列車なのかもしれません。陸羽西線は非電化ですから気動車が走っていてもおかしくはありません。次に考えられるのが、間合い運用。陸羽西線の折り返しで時間が空くため留置するよりは間合い運用で。という考えなのかもしれません。そして、費用対効果の点で気動車を使ってるのかもしれません、気動車であれば最短1両での運行が可能ですから、乗客数が少なければ気動車1両でも充分なのかもしれません。北海道の室蘭本線、室蘭ー苫小牧や函館本線、滝川ー旭川も電化区間ですが乗客数が少ないので普通列車を気動車で走らせてますね

村上〜間島 間に交直流切替えのデッドセクションがあり、酒田以南を管轄する新潟支社が交直流対応の普通電車を現在保有していないためです。
交直流電車はそれ自体が高コストであり、交流区間・直流区間で別々に車両を保有しても保有数が増えて経費増になります。
特急電車はより快適性が求められるために多少のコストアップも許容されると考えられますので、交直流両用車両が導入されているものと思われます。（転属車両(ぶっちゃけ中古)導入でもコストを抑えているようです）
ちなみに酒田以北は秋田支社の管轄ですが、全て交流区間であるため問題なく電車にて運行出来ます。
デッドセクションで管轄を分割すれば電車での運用に変わるかも知れません。