鉄道では、客ごとにマイレージポイントを付与・管理するのが煩雑すぎて、収益増の手段としても単なる顧客サービスとしても、コストパフォーマンスが悪すぎるためと思います。
また、クレジットカードで切符を購入するなどすれば、既にあるマイレージサービスを利用出来ることも一因だと思います。

一般に、飛行機であれば乗降は空港に限られますから、どの乗客ごとの利用距離が把握しやすい(そのためマイレージサービスは航空業界が先駆けになった)ですが、
鉄道では切符の購入者と使用者、実際の乗車経路の紐付けなどが難しいためではないでしょうか。
途中下車もあれば18きっぷのようなフリー切符の扱い方にも課題が有ります。

その一方で自動車のETCにもマイレージサービスが出来たように、Suicaなどで利用可能エリアが広がってカードでの長距離利用が可能になれば、現在のポイントの延長でマイレージサービスに発展するかもしれません。
あるいは、東海道新幹線のEXサービスなど導入へのハードルが低そうな物も存在していますので、鉄道会社の営業戦略待ちと言えるかも知れません。

確かに鉄道の場合は、提携しているクレジットカードでの定期券購入や、SuicaやPASMOへのオートチャージですとポイントが貯まりますね。