都営三田線の新板橋と、JR埼京線の板橋。都営線の車内では「JR線乗り換え」をアナウンスするんですが、埼京線ではしていないという例です。400mくらい外を歩いての乗り換えです。
都営はほかにも、「乗り換え」と言いつつかなり歩かせる例があります（三田線の西巣鴨と都電荒川線の新庚申塚など）

JR新日本橋駅と銀座線三越前駅とか、都営三田線日比谷駅とメトロ有楽町駅とか。
と言うか、同一路線の隣駅ですら地下道の徒歩移動でもいくらも掛かりませんよね、あの辺て（笑）
（大手町駅同士の乗り換えの方が長かったり（汗））

りんかい線の国際展示場駅とゆりかもめの有明駅も乗換駅ですね。
でも、自分は1回も乗り換えたことがありません。

名鉄豊川線の豊川稲荷とJR飯田線の豊川は隣接してる、ただ改札を出ないといけないけど

西鉄福岡と七隈線の天神南でしょうか…。

武蔵野線の北朝霞駅と東武東上線の朝霞台駅も乗換駅ですね。
逆に、なぜ違う駅名にしたのかが疑問です。

小田急線の豪徳寺駅と東急世田谷線の山下駅もそうかと思います。
以前、何度か乗り換えで使ったことがあります。

都内だと都営大江戸線・三田線「春日」、東京メトロ南北線・丸ノ内線「後楽園」もそうかなと思います。特に小規模の大江戸線から南北線方面へ抜けるコンコースの開放感が個人的に大好きです。が小さいからかもしれません。

また横浜方面では横浜線・京浜東北線「東神奈川」と京急線「仲木戸駅」は橋渡っただけの至近です。定期券の接続駅もお隣でしかできないでしょうし、実際横浜線スタンプラリーでお邪魔した際にはだいぶ閑散としていました。東急東横線「東白楽」へも運休時等は歩けるかなと思いました。

大阪市内ですと
・天満（JR）と扇町（地下鉄）
・野田（JR）と玉川（地下鉄）
・野田（阪神）と海老江（JR）
・汐見橋（南海）と桜川（地下鉄・阪神）
・文の里と昭和町（地下鉄）
あたりが意外な乗換駅ですかね。

梅田と大阪

常磐線・武蔵野線の新松戸駅と流鉄流山線の幸谷駅も短い距離で乗り換えられますね。幸谷駅はマンションの1階にホームがあるので、なんか面白いロケーションです。

高山本線の那加駅と名鉄各務原線の新那加駅は、徒歩1分ぐらいで乗り換えすることができます。
でも、乗り換えする人っているのでしょうかね…。