横浜駅も慣れないと乗り換えのハードルが高いです。
東横線から相鉄線に乗り換える場合、北（渋谷）側の改札に出てしまうと、延々と通路を歩かされることになりますし、人が多くて余計に時間がかかってしまいます。

いつも錯覚してしまうのは新大阪駅です。
東京から東海道新幹線で到着すると、JR在来線のりかえ改札は東京側になるのですが、それを忘れて、ついつい大阪・三ノ宮方面は自分の左手側だと勘違いしてしまいます。
そのため新快速に乗り換える時に左側の階段を下りてしまい、進行方向前方車両に乗ろうとしたつもりが、後方車両になってしまうことが多々あります。

吉祥寺駅が個人的に迷いやすい。
対して利用者が多くないのにどこにどういう配線があるのか分かりにくい時があって非常に迷うから。
吉祥寺の配線を理解しないと地理や位置に鋭い人でも迷う危険性が高い。
有名どころは他にも大阪駅(梅田駅)。
私はどこに何があるのか分かりやすいが知らない人なら間違いなく迷う駅です。
梅田駅ほど、ダンジョン駅はそうそうありません。
後、横浜駅もダンジョン駅でこちらも知らない人は迷うのは必須だと思います。
因みにダンジョン駅じゃないが疲れる駅の代表は南越谷駅・新越谷駅。
新越谷は3階に改札があり、南越谷は1階に改札があるから良い運動になります。

大都市圏の駅で橋上駅舎なら迷うことはないと思うのですが、やはり地下通路が絡むと迷ってしまいそうです。
阪急の梅田駅から阪神の梅田駅に移動するなんて、普段利用しない自分にとっては迷路のようです。

そんなに迷いはしませんでしたが、新潟駅も「？」でした。
上越新幹線は西側から新潟駅に入るのに対し、信越本線下りは東側から新潟駅に入るので、新幹線で到着してから新津駅に向かう際は、戻るはずなのに先に向かうという、何とも言えない感覚があります。

直近で新潟駅に行ったのは、在来線ホームが高架化される前のときでしたので、いま新潟駅に行けば、ちょっと迷ってしまうかもしれません。

私も高架化前(高架化工事中)の新潟で少々迷いました。
ばんえつ物語で新潟に到着し、メッツ新潟に宿をとりましたが在来線側からだとなかなか着けないので不安になりました（汗）やはり新幹線利用客がメインなのかもしれません。

また個人的には近鉄四日市からナローゲージのあすなろう鉄道四日市に乗換時も、途中で「これで合ってるよね？」と思いました。昔は同じ近鉄だったはずなので、もう少しスムーズに乗換コンコースを設置できなかったかな〜と思いました。

やはり、仙台駅かな。
自分が仙台に住んでた頃は良かったけど、仙石線が地下になってから迷うようになった、ましてや東西線が出来てからは複雑になった気がする。特に仙石線↔東西線は上がって下がっての繰り返しと長い地下通路が嫌になるほど

下北沢駅は工事前もややこしかったですが、工事中の今もややこしいです。
特に改札口が変更されているため、出たい方角にうまく出ることができず、
改札口で出た後、立ち止まることもありました。
工事が終わったら、少しは分かりやすくなるのか、もしくは、慣れがやっぱり必要となるのか
今はまだせ分かりません。完成が楽しみです。

難波駅です。御堂筋線から南海まで移動するのなどはいつも迷ってしまいます?高速道路のことはよくわかりません。鉄オタなんで。

東京駅も迷いやすいです。
丸の内地下から八重洲地下に移動するため、久しぶりに北地下自由通路を使ったのですが、「グランスタ丸の内」や「黒塀横丁」など、いつの間にか見慣れない光景に変わっていました（単に利用しなさすぎ？）。東京駅一番街も同様で、地上に出ないと方向感覚を失ってしまいそうです。