亀山〜加茂間は、一度にテコ入れは難しいかも知れませんので、ひとまず亀山〜柘植間の電化と出来れば線形改良すれば、関西線〜草津線の直通運転も実現出来そうです。
ついでに名古屋〜亀山の全線複線化とかしてくれたら快速みえの(特急南紀も)定時性も向上するのになぁ。

本題。
自分が思うのは大船渡線・気仙沼線ですかね。
せっかく三陸鉄道が一本に繋がった(る)のに、そこまでのアクセスが悪いのは勿体ないです。
観光の場合、八戸からリアス線を往復なんて利用はあまりなくて、大半は周回利用でしようから、南側のアクセス改善が進まない事には利用の伸びが期待できないです。
直通運転が出来なくなったのは痛いですが、BRTに連節バスを入れるとか、シーズン限定で観光バスの乗り入れを解禁するとか・・・

いつその事、久慈線も三鉄に譲渡して・・・

東海交通事業城北線は放置プレイの極みとも言うべき路線ですね。立派な高架複線が設けられていながら非電化の単行。名古屋都市圏の交通機関とはほど遠い閑散っぷりです。
せっかくの鉄道空白地帯にはまともに駅が無く、勝川駅は名前だけ一緒の別駅状態。
この路線こそガイドウェイバス化すべきだったのでは…？と思います

成田スカイアクセス線の成田湯川～空港第2ビル間、成田線の成田～空港第2ビル間を複線化すれば列車本数が増やせそうなのですが。あと、JRの空港第2ビル駅も1線でなく2線に改良してほしいところです。

会社間の調整が難しいかと思いますが、会津鉄道の会津田島～西若松間と只見線の西若松～会津若松間の電化ですね。そうすれば、下今市発の普通列車だけでなく、「リバティ会津」も会津若松乗り入れが可能となります。

和田岬線は、御崎公園球技場の客などを取り込めるよう
増発とかすれば、土休日も使える路線になりそうですが…。
いろいろ事情とかあるんですかね…？

JR御殿場線ですね。
妄想ネタで小田急化しろという話が出ますが、今後の来日需要を考えるとあながちナンセンスとも言い切れないような気もするんですよね・・・。
逆に言うと、あまりにもJR東海が無関心過ぎるんです。それよりは、自社片乗り入れの形態にまでして直通特急を残し、その後も折を見て臨時列車まで出している小田急が運営した方が、観光という点で断然プラスだと思いますね。御殿場のプレミアム・アウトレットの大家も小田急のままですし、新たに温泉施設までこしらえようとしているくらいですから(人手のアテはあるのかな・・・？)、JRなんかより、よっぽど小田急の方が潜在的要素の掘り出しに熱心ですよ。

小田急が御殿場線を運営するとなったら、次は伊豆に目を向けることになるかもしれません。もっとも東海バスグループは小田急傘下ですから、まさにお誂えというわけです。
とてつもない鉄道会社になりそうだな・・・。