九州西端の松浦鉄道、かなり高齢のお婆ちゃんも「MR」と言っていましたな　横文字も浸透してますねぇ
今はなき、北海道のちほく高原鉄道、ここは9割以上が「銀河線」といっていました
かなりマニアックですが、昭和30年代まで存在した北海道の北炭美流渡専用線(のち北星美流渡)、ここは「豆汽車」と呼ばれてました(1067mmなのに)　また、連絡していた国鉄万字線は「本線」(!)と地元で呼ばれていました

久留里線の愛称『パー線』、乗りに行ったときに地元高校生が使ってました
おそらく1966年のアニメ「パーマン」の主題歌からきてるのでしょうね
♪『…くるくる旋回 くるりとパー』

名鉄瀬戸線を「せとでん」。
瀬戸線電車、から？？？
由来は不明です。

路線愛称とは少しずれますが、JRのことを「汽車」、
私鉄や街の路面電車のことを「電車」と呼んで区別している人ならいました。
地方都市で、ある程度高齢の方ならまだいるかもしれません。

神奈川県に住む知り合いは、相模線が「ガミ線」だから横浜線は「ハマ線」だよって言っていました。

横須賀線は「スカ線」と呼ばれることが多いみたいです。
「今日は『スカG』で来たよ」なんていうのも、車のスカイラインGTで来たのではなく、スカ線のG、つまり横須賀線のグリーン車で来た意味なんだそうです。

近江鉄道は、地元では昔から「ガチャコン」や「ガチャ」の愛称で親しまれています。列車の走行音が由来なのだそうです。

豊橋鉄道東田本線(路面電車)は市民から何故か、｢市電｣と呼ばれている。開業依頼、豊橋市が運営した事が無いのにもかかわず、市民からは市電と呼ばれている。

久留里線は「パー線」と呼ばれているようです。

近江鉄道は地元では「きんてつ」と呼ばれていると聞いたことが…　真偽は定かではありません。