端的に言って、輸送力に余力が無いためではないかと思われます。

グランクラスは従来のグリーン車に比べて、車両当たりの座席数が大幅に少なくなりますので、
輸送力がひっ迫している東海道新幹線にとっては1列車あたりの乗車定員を減らすことは自分の首を絞めることになりかねません。

また、故障時などの代行列車も同じ定員数を確保(同じ座席配置に)しておかないと、指定券を持った乗客が代行列車で座れない、などという事態が生じかねません。
従って、グランクラスを導入する場合には、一時に集中的に全編成に組み換え作業を行わなければならず、大変な労力と費用、大きな混乱が予想されます。

観光列車に注力しているJR九州管内や比較的余裕のある山陽新幹線などでは、もしかしたら導入が検討されているかも知れません。
(東海道直通列車では無理ですが、新大阪以西に限れば。またJR西としても北陸新幹線で導入実績があるので、東海よりはハードルは低いと思われます)

東海については、リニア開業時にまずリニアにグランクラス導入→余裕の生まれた東海道新幹線にも順次導入・・・というのであれば将来的には可能性があるかも知れません。

子牛力ビーフさんが回答されていますように、東海道新幹線の車両は700系もN700系も座席数を1323席に統一して、不測の事態で車両を変更する場合でも、指定席で座れない人が出ないようにしています（今後量産されるN700Sも同じ座席数です）。
そのため、特定の編成だけ「グランクラス」を導入することはできませんので、全編成の車両を改造しなくてはなりません。1編成に「グランクラス」1両だとしても、東海道新幹線の車両は100編成以上ありますので、改造には長い期間を要してしまいます。また、順次「グランクラス」付きの編成を使用するということもできません。

個人的には、東京から博多まで「グランクラス」に乗りたいとは思うのですが…。