1番が理想的かと思いますが、JRとしては利用者が他社線へ移ってしまいますと営業的に問題ですので、中央線快速自体の利便性を向上させるしかないと思います。
そのため、JR東日本では普通車の両数は変えずにグリーン車2両を増結する予定でいます。グリーン車を導入すれば、遠距離の人が利用するでしょうし。

あとは、平日も快速は高円寺・阿佐ヶ谷・西荻窪を通過にすることでしょうか？　これはかなり議論されているようですが。

立川駅平日朝7時台の上り列車はほぼ2分間隔の高頻度で運転されているので、増発する余裕はないと思います。
せめて、中央線の新宿～三鷹間を線路改良して方向別複々線にすれば、快速から各駅停車への乗り換えが楽になりますので、各駅停車の利用が増えると思います。また、一部の快速電車は各駅停車の線路を走らせて、後続の通勤快速や特別快速が追い抜くダイヤも可能になるのかと思います。

総武線各駅停車は錦糸町→両国の混雑が激しいので、あわせて各駅停車も普通車2両を増結した12両編成にすれば、混雑率が減少するのではないでしょうか。駅改良工事などの設備投資金額が莫大なものになりますけど…。

1番は、かつての西武新宿線地下急行線案を思い出します。
東京メトロ東西線と直通運転すれのであれば、平日朝に拝島始発の東陽町行き「拝島ライナー」（「東西ライナー」の方がよい？）を設定するのもいいかもしれません。停車駅は拝島・玉川上水・大手町・日本橋・東陽町で、乗車はもちろん、拝島と玉川上水のみです。
そうすれば、青梅線方面からの通勤客が西武鉄道にシフトし、中央線快速の混雑も緩和するかと思います。

実現不可能な案ですがご了承ください。
1、中央線の混雑の一員と考えてる青梅綿や五日市線や八高線からの列車の一部を拝島から西武線への乗り入れ。これをやる事により拝島～新宿が2ルートとなり多少は中央線の混雑が解消するのではないかと？ただ西武線区間の過密運転と拝島駅構内の改良がネックになりますが。
2、吉祥寺から井の頭線への乗り入れ。中央線沿線から渋谷
方面へは吉祥寺で井の頭線に乗り換えるか新宿で乗り換えが必要なのですが吉祥寺から井の頭線へ乗り入れる事で乗り換え時間の短縮が期待できるのではないかなと、乗り入れは中央線の分割編成を乗り入れさせる形で。問題点は編成の両数と吉祥寺駅の改良が。