ご存知の方が大半だと思いますが、
通常の乗車券では、東京近郊区間などで区間内のみの利用であれば実際の乗車経路に関わらず（ひと筆書きルールはありますが）最も安くなる運賃が適用されます。

一方、回数券では発駅・着駅が決まっているため、回数券の価格の算定基準になった経路があります。
この経路内であれば途中下車は可能（その券片は前途無効）です。
経路から外れた駅では経路内の最寄り駅からの運賃が別途必要になります。

大宮〜新宿の例ですと、
最安≒最短経路は大宮〜浦和〜赤羽〜板橋〜池袋〜新宿となります。
ただし、大宮〜赤羽については埼京線も路線としては東北本線となりますので、武蔵浦和経由でも浦和経由でも良い事になっているようです。

従って、大宮〜赤羽間の東北線・埼京線、赤羽〜新宿間の埼京線内であれば運賃精算なしで途中下車できます。
上野で降りる場合は精算が必要です（赤羽から？）。巣鴨もおそらく池袋からの運賃精算が必要になるでしよう。

色々特例も多いですので、ご面倒でなければ予め窓口で聞かれた方が確実です。

メトロですが、時差券愛用しています。
例えば改札外乗換が必要なケースだと、30分制限はありますが途中下車できます。
上野駅なら日比谷線と銀座線の間の乗換などです。その時間にアトレ上野やのもの上野、シュガーバターの木で手土産を買って、友人宅へ行ったり…似たようなことが築地と新富町、人形町と水天宮前でできます。