それもあるでしょうし、
実際の計算結果と、この特例とで乖離が小さい事も理由かと思います。

10km未満の地方交通線を換算した時の増加分（約1割）は1km未満ですから、
実際に運賃が上がるのは、営業キロ合計が3、6、10キロに近い時だけです。

今でこそ面倒な計算はコンピュータがしてくれますが、地方交通線が導入された昭和時代にはそれほど普及しておらず、
結果の変わらない計算を数多く行う無駄を省いたのかも知れません。

それに地交線のみ10.0kmの運賃よりも、
幹線込み9.2kmの運賃が高いという逆転現象、
「幹線経由で近い駅の方が高い!?」という逆転現象を避けたのかも知れません。
（この逆転現象は、15〜20km付近でも発生し得ますが、その距離だとあまり気にはならなくなるでしょう）