エリアまたぎで利用出来ないのは、全国の駅からの運賃計算をすると経路が膨大になって自動改札では一瞬で計算するというわけにいかないからと聞いたことがあります。
自社エリア内だけ、もしくはSuica-Pasmoのように限られた範囲の連携なら計算も速いわけですね。
窓口なら、他社線区からでもどのルートで通ったかは駅員さんがだいたいわかりますし、わからなければ最悪客に聞くこともできますね。
なんにせよ、料金計算さえできれば、あとはICカードからその金額を引き去ればいいわけです。

ただ疑問なのは、入場処理データをカードから消さなければいけないはずですが、それを他社ができるのか。以前踏切事故による運転中止振り替え輸送の際に無改札で出されてしまったことがあり、その後地下鉄に入場できなくて窓口に行ったら、そこでは入場取り消しができないから元の鉄道会社の窓口に行ってくれと言われました。

東海道本線の三島駅や沼津駅では、Suicaで東京方面から乗ってきた人たちの窓口精算の列がすごいと聞きました。

いわゆる「エリアまたぎ」としては出来てないですね。
あくまで精算時の支払にチャージ残高を使用しているだけ、という事ですね。

もともと境界駅と隣接駅の間に使用不可区間が挟まっているのが問題で、境界駅付近だけでも共用区間を設ければ近隣住民の利便性などは大きく改善しそうです。
（国府津〜沼津はSもTも使えます、とか）
遠方からお越しの方は引き続きご注意下さい、て事になりますが（笑）

エリアまたぎの場合、自動改札機で出場することはできませんが、一部の駅では自動精算機でカード残額から精算処理ができます（精算券が発券されます）。自動精算機で精算できない場合でも、有人改札で精算処理もしてくれるようです。

似た様なこと、私も経験しました。
備前原（津山線の無人駅）から整理券を受取って乗車し、岡山で降りる時です。「いま現金の手持ちがなくて、Suica残高はあるんですよ〜」と言った場合にどうなるのか気になりました（笑）
いずれは有人改札での手動対応から、混雑時も高速処理できるよう精算機対応に切り替えるための準備期間なのかなと捉えています。