主にJR東日本の新幹線や全国の特急列車に乗るとき、１枚窓の後ろ側の指定席を取ります。
少し視界が広くなり、じわじわ山並みが見えてきたりと楽しいです。
（これには失敗経験があり、特急りょうもうの３号車２列目座席なのに１枚窓で視野が狭くて残念に感じました。http://sonicrailgarden.sakura.ne.jp/seat_tobu200seatmap.html 山手線の10号車の端を思い出して「そこはくっつけて大きな一枚窓でしょ！」と突っ込みたくなりました（汗））

衝突時の安全性に絡んで、
両先頭車には乗らない
中間車も車端部に乗らない（隣の車両が食い込んでくるから）

静粛性絡みで、
電動機の付いていない車両に乗る

ワンマンの2両編成に始発駅から終点駅まで乗るときは「進行方向向かって後ろの車両がすいていればそれに乗る」ですね。
理由は「客の出入りが少なくなる分落ち着けるから」です。

京急の羽田空港国内線ターミナル駅から品川方面行きの列車に乗るときは、必ず進行方向最後部の車両に乗車します。
8両編成の列車ですと並んでいる人が少ないので。

「ホームドアがない駅で乗車するときは先頭に並ばない」です。

ブルートレインが走っていた時代だったら、「個室でない寝台の場合は絶対に下段」なんて自分ルールもあったんでしょうね。

東海道･山陽新幹線に乗る時は指定席でも自由席でも2人掛けの窓側、席番Eに座る。

「後ろから押されるかもしれない」という勝手な不安からホームに立つときは必ず黄色い線よりさらに内側に立つようにしている。

電車に乗るときは、モーターが付いている車両に乗ることでしょうか。
走行音を楽しむのが好きですので。

東京メトロ副都心線に乗るとき「東京メトロの7000系が来た場合は次の電車を待つ」です。
7000系の7人掛け座席は幅が狭いのか、7人座ると窮屈になってしまうからです。でも、新型車両の17000系が登場したら引退してしまうので、そろそろ自分ルールを改定するかもしれません。

恐らく皆さんもそうだと思いますが、「7人掛けのロングシートに座る場合は一番端。端に人が座っていたら1人分空けて座る」でしょうか。

クロスシート車で座るときは、対向の列車や線路を眺めたいので、進行方向右側の席に座ります。
きっぷはなるべく無効印をもらって保管しています。

会社から自宅に帰るときは先頭車両に乗ります。下車する駅の階段とエスカレーターはホーム中ほどにあるため、その付近の車両は異様に混んでいるからです。

首都圏のJR利用時は、乗車50km以下の時はグリーン車に乗らない、
と言うか、グリーン券は乗車する可能性のある最長通算区間で買う・・・ようにしています。
結構途中下車して食事や買い物しながらグリーン車を乗り継いでいます。
本当は改札出たらグリーン券の前途無効なんですけどね。