該当区間や運休・遅延発生時間帯の改札通過データから算出しているのかと思っていました。
将来的には自動改札機から遅延証明書を発行できる『GX8』の普及、乗ることを諦めた人がweb場で遅延証明を発行したり、遅延証明発行機から発券した枚数等で、予測と実際の誤差を限りなく減らした影響人数が測れるようになると思います。

遅延証明書発行機能付きIC専用自動改札機『GX8』
https://trafficnews.jp/post/36381

どうなんでしょう？
他の方の回答以外で考えたのは 車両の定員を元に計算してるのではないかなと。
1両100人10両編成で1000人、乗車率を考え1両120人、10両編成で1200人という感じで不通区間にどれの列車がいるかを計算しているのではないかなと。

統計的に得られた、
ある区間ごとの乗車率・利用率と区間長と影響時間の積を、
影響のあった区間を通しての総和なのだろうと、漠然と思ってました。

ついでに言うと、
故障などの自社要因の時は少なめ（切下げ）に、
天災などの外的要因の時は多め（切上げ）に発表してたりしてないだろうかと、
少し勘ぐっちゃったりしちゃいます（笑）