かなり古い話になります。このことを記憶している方がどれくらいいるか心配です。
２階建ての乗り物として、ボーイング７４７をご存じの方が多いと思います。

747SR100型は１階席が普通席、２階席がグリーン席のようなゆったりした座席になっていました。
同時期の新幹線グリーン車のグレードはあったと思います。

７４７が国内線に導入された最初のころは、この席が普通席と同一料金だったのです。
昔々は、飛行機の座席は空港でチェックインのときに指定する時代がありました。つまり早い者勝ちで好きな席を選べました。知っていれば当然２階席をとるために早めに空港へ行ったものです。

昭和５０年代の昔話でした。しばらくしてこの席は「スーパーシート」として別料金になってしまいましたが。

現代では１回だけ乗ったサンライズ出雲のシングルデラックスですね。

あまり考えてみた事も無かったのですが、
よく利用する、という点ではJR東の首都圏のグリーン車ですかね。
もっとも、以前別の質問で回答した通り、２階建てグリーン車てありながら真っ先に平屋部分を選ぶんですけどね(^_^;

利用した、と言う点では高速バスの東名ライナー・新東名ライナーでエアロキングに良く乗りました。席が取れれば「１階」のプレミアムシートを（笑）
あとは、東京丸の内付近を周回する無料バスに２階建ての車両があったような気もしますが・・・有料だったかな？ そもそもあったかな？ き、記憶がぁっ!?

中央線のホリデー快速や湘南ライナーなどで使われているオール2階建てのE215系です。
昔、新宿始発の横須賀線方面の湘南新宿ラインで使われていて、この車両に当たった時はラッキーでした。ほんと、ガラガラでしたもん。
中央線を18きっぷ旅していて、思いがけずこいつのホリデー快速がきて、小淵沢まで快適に連れて行ってくれたのもいい思い出です。

100系新幹線電車ですね。
国鉄時代に登場したX編成やJR西日本が導入したV編成は食堂車もあり、2階から食事をしながら見る景色が最高でした。

京阪のダブルデッカー車ですね。初めこれが目の前にきた時、「別途料金が必要でしょうか？」と思いつつ、慌ててネットで調べて一安心しました（微笑）あとは他の方も回答されていたサンライズ出雲のシングルデラックスは一生の思い出になりました。上りで乗りましたが、夜空が綺麗でした。

自分もボーイング747が好きです。
JALの新千歳～那覇線が就航していたころ、1度だけ那覇から新千歳に向かったのですが、機材は国際線仕様のボーイング747でした。
アッパーデッキはビジネスクラスですが、国内線での運用はクラスJでしたので、なんちゃってビジネスクラスを体験できたことが嬉しかったです。

近鉄30000系の「ビスタEX」ですね。
一度見てみたかったのは、近鉄10000系「ビスタカー」、10100系「新ビスタカー」、20100系「あおぞら号」。残念ながら1両も保存されていません。

JR東日本で試験的に常磐線に投入した415系電車のクハ415-1901ですね。
一度だけ乗車しましたが、2階部の座席は2列＋3列のボックスシートで窮屈感がありました。でも、乗車券だけで2階席に座れるということで、人気がありました。

今でしたら、後継車ともいえる215系電車でしょうか。「湘南ライナー」などのライナー列車には乗る機会がありませんので、乗るのでしたら「ホリデー快速ビューやまなし」ですね。それもグリーン車指定席で。

2階建てバスの「ルートマスター」が好きです。
ただ実際に乗ったことはないので、いつかは本場イギリス・ロンドンで乗ってみたいと思っています。

やっぱり、新幹線の、MAXが、大好きでした。乗れなくなるのが、残念です。