名古屋市営地下鉄の上飯田線を名鉄小牧線に編入というのはどうでしょうか。
どうせ名鉄の運転士が運転しているのだし。
施設は現状＝上飯田連絡線持ちのままでいいので…（平安通駅は共同使用駅にすればいいし）

東京メトロ東西線と乗り入れている東葉高速鉄道を東京メトロ化してしまうのはどうでしょう？
でも、建設費が大幅にかかっているので、運賃は安くならないでしょうね。

グループ会社ですけど、箱根登山鉄道が小田急になると運賃が安くなりそうな気がするのですが。

東京メトロと東京都交通局が一緒になれば、目黒線と三田線も車両の運用がスムースになりそうです。もちろん、他の路線を含めて運賃が安くなる区間が出るかと思います。
あわせて埼玉高速鉄道も統合してしまうのもいいでしょう。

国鉄伊勢線が国鉄分割民営化時に第三セクターの伊勢鉄道に変わってしまいましたが、JR東海に編入してしまうのはどうでしょう？
もちろん、河原田～津間は地方交通線にして、伊勢鉄道のディーゼルカーもJRに編入してしまいます。

利用者にとっては、青春18きっぷの利用エリアになるのでいいかと思うのですが、鉄道事業者的にはよろしくないでしょう。

東京臨海高速鉄道がJR東日本になれば、りんかい線を介して京葉線⇔埼京線の直通運転が実現しそうです。

非常に地味な話ですが、押上〜北千住間を第一種鉄道事業者を東京メトロに。第二種鉄道事業者を東武鉄道にしてもらえると、東京メトロ24時間券使えたり北千住アクセスのレパートリーが増えていいなと思います。（東武の株主さんに怒られそうですけどね 汗）

あとは西武多摩川線がJR中央支線だったら、今頃４両編成の201系がまだ拝めたのでは？と想像してしまいます。