鉄道好きなこともあいまって、車内で食べるご飯は格別ですよね〜。私もよくやります。
ときわやひたちで勝田まで行く時は何度珈琲を買ったことか（微笑）

私は三ノ輪駅からの利用のため、水戸方面へ向かう往路は日比谷線で上野に出て、ときわ(orひたち)に乗り、帰りは普通列車グリーン車で北千住か南千住まで乗り、ラッシュを避けて着席チャンスの多い乗車手段でゆったりと帰ります。

余談ですが、これもJR東日本のポイントサイト(JRE POINT)からグリーン券に引換れば、距離に関係なく6月迄600ポイント(600円分)で、7月以降も700ポイント(700円分)でグリーン券情報に引き換えることが可能です。そのため私はよく足の障害もあり、「東海道新幹線帰りに品川〜南千住までグリーン車」や「水戸方面〜南千住までグリーン車」を満喫しています。

かたや、ときわのチケットレスもえきねっとポイントが30ポイント(JRE POINT 60ポイント分へ交換可能)つくので、日々のビューカードの請求に付くポイントや駅弁や駅ビルで付いたJRE POINTを合算して、元手なしで普通列車グリーン車に乗ることが多いです。

…と語っておきながら、その日の気分もありますね。
特別快速が来たならいっそ２階席でと思ったり、もしときわ停車駅に住んでいて東海道新幹線に乗るなら、なるべく時間を合わせて品川乗り換えできるようにしよう！とか臨機応変に決めることになっちゃいそうですね（汗）

自分の利用形態だと、圧倒的にグリーン車です。
現在松阪在住で熱海（沼津）まで（から）利用しますので、通しで使えるグリーン車の方が絶対的に有利です。
常磐線内に限っても、実家が日立のためよほど急ぐのでなければグリーン車で充分。特急通過待ちの間にホームに降りて飲み物を買うことも出来ますし。

通勤等ではなく帰省や行楽で乗車する事がほとんどですので、
必然的に乗車距離が長くなるため、やむを得ない場合以外は極力普通席を避けるようにしています。

ご質問の例のような、牛久〜東京(上野・品川)の利用であれば、
乗車駅か降車駅を調整して770(570)円の区間でグリーン車を利用します。乗車駅だと乗り直しが必要になるので、大抵は降車（席移動）駅の調整ですね。日暮里まで座れれば、そこから立っても乗り換えても充分ですからね。