しないのではなく「出来ない」のです。

・過密地帯のため、鉄道用地が確保「出来ない」
・用地の見込みが立っても取得費用や建設費が調達「出来ない」
・多額の費用と長い工期を費やして完成したとしても、採算面を考えると開業「出来ない」
などです。

出来ない理由はいくらでも考えつくが、逆に出来るようにする方法も考えれば出て来る、というのが社会の常ですので、
今のところ「出来ない」とは言っても「不可能」な訳ではありません。
（かと言って自分はその方法を知りませんし、考えつきもしませんが）

延伸や乗り入れ以外でとなると、最も最近ではつくばエクスプレスか日暮里舎人ライナーあたりでしょうか？
現在、他にもいくつかの計画や構想があり、多くの人や組織が実現に向けて知恵を絞り、努力しています。

件の相鉄ーJR・東急連絡線やTXもそうしてようやく実現に漕ぎつけたのです。
今後も新しく開業するろせんが現れてくれると期待しましょう。

ただ、神奈川方面は大深度地下でないと、相当無理がありますし、そうなると建設費の償還の見通しが立てられないんじゃないかと思いますけどね(^_^;)

かつて、新百合ヶ丘駅と川崎駅を結ぶ地下鉄（川崎縦貫高速鉄道線）の建設が計画されていましたが、休止になった例もありますしね…。

神奈川〜東京間で新線を作るのは土地や費用の問題で難しいと思います。神奈川〜東京間はどうしても横移動(路線図を見ればわかるはず)であり多摩川があるのでその分費用がかかるのもあるでしょう。

路線改良すれば利用価値があるとすれば武蔵野線の南側と東海道貨物線の東京貨物ターミナル駅〜横浜羽沢駅間くらいしか考えられないですね。