小野田線の支線、雀田～長門本山間も1日3往復と少ないですね。

札沼線ですね。もうすぐ廃止になりますが...........

大糸線の南小谷～糸魚川間も本数が少ないほうですよね。
日中に2時間ぐらいは間隔が空きます。

札沼線の浦臼～新十津川間。
新十津川駅に着いたらそのまま乗って戻るか、北海道中央バスで滝川駅に出るしかないですね。
ただ、北海道医療大学～新十津川間の運転は2020年5月6日が最終みたいですが。

和田岬線は9時から17時まで一本もない

津軽線の蟹田～三厩間も1日5往復しかありませんね。
下り三厩行きの列車の場合、蟹田発朝7時07分の次は11時44分と4時間半以上空きます。そのあとは約2時間半後の14時11分。列車で三厩に行くのはなかなか厳しいです。

JR山田線。全区間途中駅は無人です。特に少ないのは上米内 - 川内間で、代表して松草駅(最新版)。快速通過なので、宮古方面始発は18:46、次発は2時間後で最終。盛岡方面は始発6:25、次発は17:31。11時間以上間が空きます。盛岡駅の始発07:29は上米内折り返しなので、宮古駅通しで乗る場合は11:05まで無いので気軽に乗りに行けません。ちなみに、宮古始発は05:00盛岡行です。盛岡・宮古起点で区間列車がいくつかあります。詳細は時刻表確認を。ちなみに平行する盛岡 - 宮古路線バス｢106急行｣はアホほど走ってます。最近、太川蛭子コンビがロケで乗ったらしいが...放送済みか?!?

函館本線の大沼〜鹿部〜森間と森〜長万部間と長万部〜小樽間
も昼間は普通列車はほとんどありません。
函館駅の時刻表を見ると鹿部経由が5:49•14:20•17:00と朝5時台の次が14時台となり、14:20発以外は森行き。長万部行きも8:18の次が14:20となってる。長万部発の列車も8時台、13時台、16時台
となってる。森から鹿部経由は8時台の次が15時台と言う有様。
長万部から小樽行きは6時台の次が16時台、小樽から長万部行きとなると16時台まで無いという悲惨な状態

磐越東線のいわき〜小野新町間も、
全日ではともかく、朝の出勤・通学時間帯を過ぎると、お昼すぎまで5〜6時間空いてますね。
常磐線から郡山方面には高速バスが主流になる訳だ・・・

代表的なのは、芸備線の新見～備後落合や木次線の備後落合～出雲横田などでしょうか。途中駅どまりの列車を除くと一日3往復しかありません。
そのほかにも、日豊線の佐伯～延岡や石北線上川～遠軽、伯備線新見～生山など、特急列車の本数はけっこうあるものの鈍行となると本数が日に数本という区間もあります。