拝島から新宿に通勤ということであれば、西武拝島線にすると思います。
西武拝島線の拝島駅は全列車始発ですので座れる可能性があります。帰りも「拝島ライナー」を利用すれば快適です。たとえ「拝島ライナー」が満席でも、小平まで先行すれば小平から乗車券のみで「拝島ライナー」に乗車することができます。

JRですと朝ラッシュ時の特急「おうめ」が魅力的ですが、そんなに毎日特急に乗るのは経済的にも厳しいです。
そうなると通勤特快か快速になってしまうのですが、朝ラッシュ時の東京直通列車は混雑が激しそうです。

中央線沿線民として申し上げると、西武新宿線・拝島線の方が良いと思います。

西武新宿駅はやはり遠いですけど、始発駅のメリットの方が十分勝るかと。
拝島ライナーの登場で魅力が一段と上がった印象ですね。
高田馬場での東西線乗り換えで、東京駅(大手町)方面へも難なくアクセス出来ますし。

一方中央線は、特にラッシュ帯がしょっちゅう遅れます。
朝のピーク時は本数過多で大体ノロノロです(笑)

青梅線直通列車も年々少なくなってきてる印象です。
数分の遅れとは言え、立川駅での乗り継ぎに失敗すると結構命取りですよ。

メリットとしては、東京駅まで乗り換え無しで行けるくらいですかねえ…

西武拝島線にしたいですね。朝の中央線の混雑はキツそうですし。
西武線ですと拝島も、西武新宿も始発駅ですので座れるチャンスがありますね。
難点は、中央線より終電の時間がやや早いことでしょうか。

皆さんが回答されていますように、西武拝島線～西武新宿線利用のほうが便利かと思うのですが、通勤定期券代を調べるとJR中央線～青梅線のほうが安いんですよね（1か月定期で2,330円の差）。
会社から支給される金額は、当然安いJR利用のほうになるでしょう。西武線を利用したいために2,330円を自腹で払うか、悩みどころですね。

青梅線の場合、平日朝の拝島始発の列車は立川行きしかないんですよね。快速でもいいので中央線直通の始発列車が欲しいところです。

自分なら中央線の方を選びます。
途中の、立川や国分寺、吉祥寺、中野など、寄りたくなる魅力的な駅が多いからです。

どちらでも早ければ。ちえんしていたらいみないので