常磐線は、特に紛らわしいですね。

一応、このように考えれば整理出来るかも知れない、という分類を紹介します。

・普通列車 : 土浦、水戸、いわき方面まで行く列車
・近郊電車 : 主に複々線区間で完結する列車
　近郊電車がさらに「快速」と「緩行(各駅停車)」に分類

ですので、「快速」は「緩行」に対する速達列車、
「普通」は「特急」などに対しての普通であり、「快速と緩行」とは別の括りとなっています。
本来は別々なのに走るペースが同じという事で、「普通」と「快速」が同じ線路を使っている事が混乱に拍車を掛けていますね。

続いて各社ごとの列車種別について、
「普通」「快速」「急行」「特急」などの列車種別は、速達性や快適性などの各社のサービス内容に応じて付けられているため、当然会社ごとにまちまちです。
多くは、上に書いたような順番で速達性が上がって行くのが一般的だと思いますが、
会社や路線によって停車パターンのバリエーションが違いますし、競合他社との差別化などで種別の呼称が増えることもあります。
その結果、沿線外から来た乗客にとって（時に沿線民にも）分かりにくい場合も多々あります。

また「特急料金」については、
「特別急行」の「速達性」に対する料金か、
専用車両などの快適性に対する料金か、
によってその要・不要が変わってきますが、
そこにも競合などの路線ごと・会社ごとの事情によるところが大きいです。

以上のように、列車種別名も特急料金の要・不要も、基本的には鉄道各社がそれぞれ提供する「サービス内容」によるものですので、一挙に法律で一律に定めるところまでは行かないと思われます。
ただ、利用者が不利益を被っているという声が大きくなれば、まずは国交省から「ガイドライン」のような物が示されるのではないかと思います。

上野～取手間の場合、快速電車と中距離電車の停車駅が同じになりましたので、同区間ではどちらも「快速」と案内されるようになりました。
この区間内で利用する人にとっては、混乱はなくなったのではないでしょうか？

駅の出発案内表示器にグリーンマークがあれば土浦方面との列車（E531系／青い帯の電車）、グリーンマークがなければ取手・成田方面との列車（E231系／緑帯の電車）と判別できますし。

取手以遠への（からの）利用者に対しても、中距離電車が「上野～取手間快速運転」とか表示してくれれば、さらに混乱はなくなるのかと思います。