モバイルsuicaに使われているFeliCaは、本体の電源が切れていても使えますが、
バッテリー残量が完全にゼロになってしまうと使えないそうです。

目安としては、
スマホの電源を入れて「すぐに切れてしまう」程度なら使えそうですが、
「電源が全く入らない」ようであれば使えなさそうです。

【参考】
通常のICカードは読み取り機からの電波で発電した電力で駆動できる(超省電力)そうですが、
スマホ内蔵のICカードでは、その発電用のアンテナコイルが省略されている事が多いため、
完全にバッテリー切れになると使えなくなるそうです。

でも、これまだ読めてますか・・・？

モバイルSuicaということは「Androidスマホ」ですよね。

モバイルSuicaはスマホの電源がOFFでも使えるはずです。電池残量が０％では使用不可ですが少しでも残っていればＯＫです。
ただちに電源ＯＦＦにしましょう。

もし自動改札が通れなければ、駅員に申し出て下さい。乗った駅からの現金精算になります。充電後最初に駅窓口で前回の入場記録を消してもらって下さい。

子牛力ビーフさんに先を越されてしまいましたが、ダメな時の処置を書いておきます。

バッテリー切れを起こさないように、モバイルバッテリーを持参するのもいいかと思うのですが、信頼できるメーカーのモバイルバッテリーでないと発火してしまうかもしれませんので、難しいところですね。

ケーブル付きのAC式充電器などを持ってるのであれば、駅ナカで充電スポット（カフェとか）があるかもしれませんので、もし充電スポットがあるようなら改札を出る前にちょっとだけでも充電すればいいかと思います。