コミケに限らずイベント開催時には、どのルートでも混雑は避けられそうもありませんし、時間帯によっても混み方が変わりそうですね。

ただ、りんかい線よりも ゆりかもめの方が駅が会場に近いです。
ただし、車体が小さい分、乗車制限（駅の入場制限）が実施されて余計に時間を取られる可能性も有りますが。

そこで、新橋駅からではなく、豊洲駅から ゆりかもめ というのではいかがでしょうか。
乗り換えもありますし、必ずしも空いているというわけでもないでしょうけど、新橋から乗るよりはマシではないかと思われます。

豊洲駅から（東京駅からも）ビッグサイトまではバスも通っており、ゆりかもめよりもさらに会場近くで降車出来ます。

選択肢のひとつとして覚えておいて損はないと思います。

※ 東京駅から豊洲駅までは、東京メトロ有楽町線を利用します。
東京駅から地上or地下道を通って日比谷駅まで歩くか、JR有楽町駅（東京方出口）で乗り換えとなります。