高崎・上越線の高崎→水上では進行方向左側がいいと思います。八木原駅付近では榛名山、後閑駅と上牧駅の間では利根川上流の流れを見ることができます。
ただ、普通電車はロングシート211系電車になってしまいましたので、ボックス席で景色をみたい場合は、快速「SLぐんま みなかみ」に乗るのがいいでしょう。

湘南新宿ラインの北行き（高崎や宇都宮方面）に乗るときは、進行方向右側のボックス席に座ります。
横浜から鶴見付近までは東海道本線、王子から大宮までは宇都宮線・高崎線の列車と併走することがあります。
また、どちらも京浜東北線の列車を追い抜いたりしますので、なかなか電車に乗って寝ることができません。

山陽新幹線は、博多方面行きの列車で進行左側（海側）に座ると、西明石駅を過ぎたあたりから明石海峡大橋が見えてきます。昼間もいい景色なのですが、夜間は橋がライトアップされていてきれいです。

伊豆急行線の場合でしたら、絶対に海側（伊豆急下田行きは進行左側）でしょう。海岸沿いを走りますので、晴れていればよい景色が眺められます。
「リゾート21」は海側を向いた座席があるほか、普通用の8000系電車も車端部以外は海側がクロスシートです。

富士急行線に乗車する場合、大月駅発河口湖駅行きの下り列車では進行方向左側がいいです。雄大な富士山がだんだんと見えてきます。
ただし、月江寺駅から大きく左にカーブして富士山駅に到着しますので、富士山は進行方向右側からとなります。