技術的な事は詳しく分かりませんが、
衝撃波は超音速機の「後方」に展開するため、衝撃波を観測しても発生源の機体を直接観測できません。
衝撃波の観測結果から機体の大きさや現在位置などを推定するか、
他の光学式の観測機器と連携して捕捉するか、
といった手段を取ることになります。

あとは、その超音速ステルス機を捕捉する重要性・緊急性と費用対効果の兼ね合いという事になろうかと思います。

もしかしたら技術的には既に可能なのかも知れません。
ただ、世に知られているステルス機の多くが偵察機の類であれば、それを捕捉するのに躍起になるより、情報の秘匿の方に注力する方が有効と判断されるでしょうし、
逆にもしも超音速ステルス爆撃機なんて物が大量配備されたりしていれば、有事の際は何が何でも撃墜しなければならない＝費用云々言っておられずに血眼になって捕捉にかかるでしょうね。