JRの運賃は片道の営業キロが601キロ以上になると往復割引が適用され、往復乗車券を購入すると「ゆき」と「かえり」の運賃がそれぞれ1割引となります。

東京～新神戸は営業キロが589.5キロですので、往復乗車券の対象となりません。運賃は東京都区内～神戸市内で片道9290円。往復で18580円です。

ところが、東京～西明石は営業キロが612.3キロで、往復割引の対象となります。
東京都区内～西明石の運賃は片道で9610円ですが、往復割引適用で片道あたり1割引きの8649円で、1の位は切り捨てで8640円。往復で17280円になります。

そのため、普通に新神戸まで購入するより1300円安くなります。もちろん、西明石までの往復乗車券で、「ゆき」に新神戸に下車、「かえり」に新神戸で乗車することができます。

親切な窓口さんですね。
東京発の場合、片道の営業キロが新神戸まで601km未満、西明石まで601km以上です。
片道601km以上のルートを往復する場合は往復割引が適用されるので、西明石まで買うと行き・帰りとも1割引されます。
したがってこの2駅の場合、近くの新神戸より遠い西明石まで買った方が安くなるという逆転現象が起こるのです。