下記URLなど参照

https://tabiris.com/archives/jr-shikokusyushi/

2013〜17年の平均だそうです。
2018、2019年の資料は見ていません。

これによると、
赤字額最大の路線は予讃線（全線計）。線区別では土讃線の琴平〜高知間。
営業係数（赤字率）最悪は予土線。
となっています。

もしかすると、既にこれらの資料を見られてからの質問かも知れませんが、
もしそうでしたら、新しい情報でなくて済みません。