浅草線側を寄せて連絡させるスペースは大江戸線側に準備してあります。やれ、八重洲乗り入れ構想とか、蔵前付近に通過線を作る構想とかがありましたが、実施はかなり先でしょう。トンネル大規模修繕と一緒だったりして。

浅草線は古い路線で、
大江戸線の計画が決定される遥か以前に開業済みだったため、
乗り換えが考慮と言うか、想定すらされていなかった事が一番大きいと思われます。

距離があるので改札外乗り換えは仕方ないとして、地下道で結ばれなかったのはこの手の事業に付き物の「費用対効果」（だけではないでしょうけど）が大きいと思われます。

浅草線開業が60年前、
大江戸線の全線開業がそれから40年の後ですので、
ある意味これも仕方ないのでしょうかね。