車発機とは、回数券の発行機でしょうか。

こちらは東海の営業エリアで、しかも最寄り駅が有人駅ですので、正直よく分かりませんが、
例えば無人駅で回数券を取って、有人駅で長距離切符に買い替える際は、
最初の整理券乗車区間の長さにもよりますが、一旦精算してあらためて切符を買い直しているケースが多かったように思います。

または、最初の乗車駅から最終目的駅までの割引の有無によっては、一旦清算せずに通しの切符を発券してもらえたと思います。
ルール上そうなつているのか、融通を利かせてくれたのかは分かりませんが。

回答にはなっていないと思いますが、何らかの参考にでもなれば。