早朝・深夜の時間帯、中央線は各駅停車のみの運転となります。日中時間帯より利用客が少ないので、総武線の電車が中央線に直通運転すると輸送量が過剰となってしまいます。そのため、総武線の早朝・深夜の時間帯は御茶ノ水駅発着としているようです。

御茶ノ水以西は、中央線（オレンジ）が各駅停車になるからです。
深夜や早朝は人が少ないので、オレンジの電車が三鷹～お茶の水間で各駅停車として運転される列車があります。