商売で、顧客に対して文字通りの嫌がらせは（そういう嗜好の顧客への特別サービスでもない限り）あり得ないでしょうけど(笑)

在来線特急でも、全車指定化の流れが進んでいますので、
コロナ禍で乗車率が下がっているところへ新車投入したタイミングで見直しをかけた、というところではないかと思います。

また、特急券のチケットレス化の流れで特急券が割安になるサービスもあるので、
安いけど空席を探す手間を掛ける（最悪座れない）か、少々追加料金を払って確実に座るか、という方向へ誘導している側面もあるのではないでしょうか。

どれくらいの差額までなら指定席を選ぶか？
なんていう調査が極秘裏に行われた結果だったりして(溶)