改札内であれば、八重洲地下中央口改札内にある「銀の鈴」あたりがいいと思います。すぐそばには待合室があるほか、レストランや喫茶店もあります。

新幹線利用や、新幹線で来られる人との待ち合わせであれば、在来線改札内地下1階にある「びゅうスクエア」がいいでしょう。椅子やテーブルがあるので、座って待つことができます。
行き方は、東北・上越・北陸新幹線の「北のりかえ口」改札を出てまっすぐ。突き当りにあるエスカレーターまたは階段で地下1階に降りると「びゅうスクエア」が見えます。

この間、東京駅の「動輪の広場」で待ち合わせということで、昔の感覚で丸の内地下北口の方に行ったのですが、「動輪の広場」はありませんでした。
駅員に聞いたら、丸の内地下南口とのこと。2015年に移設されたようです。全然、知りませんでした…。

駅構内にある「駅弁屋 祭 グランスタ店」であれば、種類が豊富な弁当を見ているだけで時間がつぶせるかと思います。

丸の内北口改札付近であれば、ドーム天井のレリーフを見たり、「東京ステーションギャラリー」で時間を潰すことができます。