新幹線がOKとのことで、ざっくりと調べてみました。

★通常の場合
●特急料金
　東京⇔岡山　「のぞみ」自由席　往復11640円　※「ひかり」も同額
　　　　　　　
●乗車券
　東京⇔琴平　往復19780円（往復割引適用）
　琴電琴平⇒高松築港　片道590円
　高松⇒宇多津　片道550円

　合計32560円

※JRは琴平までの往復割引乗車券と、高松⇒宇多津の片道乗車券の組み合わせ
　東京⇒琴平（片道10990円）、高松⇒東京（片道11310円）を買うよりも安いです


★エクスプレス予約の会員の場合　※年会費1080円がかかります
●「e特急券」（特急券のみ／乗車日当日、列車の発車4分前まで予約可能）
　東京⇔岡山　普通車指定席　往復11060円

●乗車券
　東京⇔琴平　往復19780円（往復割引適用）
　琴電琴平⇒高松築港　片道590円
　高松⇒宇多津　片道550円

　合計31980円

★エクスプレス予約会員で、往復とも乗車日は土休日の場合
●「EX早特」（乗車券込　3日前までの予約）
　※年末年始などの繁忙期は利用不可

　東京⇔岡山　普通車指定席　往復28000円

●在来線乗車券
　岡山⇒琴平　片道1330円
　琴電琴平⇒高松築港　片道590円
　高松⇒岡山　片道1510円

　合計31430円

★エクスプレス予約会員で、乗車日の21日前まで予約ができる場合
●「EX早特21」（乗車券込　21日前までの予約）
　※乗車駅を朝6時台、または11～15時台に出発する直通「のぞみ」限定
　※年末年始などの繁忙期は利用不可

　東京⇔岡山　普通車指定席　往復26000円

●在来線乗車券
　岡山⇒琴平　片道1330円
　琴電琴平⇒高松築港　片道590円
　高松⇒岡山　片道1510円

　合計29430円

というような感じになります。

東京→琴平はJR在来線でよいと思いますが、お帰りは高松から高速バスで大阪に出て大阪から新幹線に乗られたほうが安いと思います。