隅田川と墨田区とかですかね。

同一地域かは微妙ですが、同じ東急で「二子玉川」と「多摩川」があります。

「四ツ谷駅」と「四谷三丁目」。「ツ」が入るか入らないかの差ですけど…。

南海本線の「泉大津」と阪和線の「和泉府中」とかはどうでしょう？
泉大津市と和泉市との違いですが。

東武伊勢崎線の「多々良」と真岡鉄道線の「多田羅」とかどうでしょうか。
結構近いので1日でいけますし、過去に同区間の定期券を作った人ももしかしたらいるかな？なんて思います。